смотря где находится загрузчик, если убьёшь раздел с загрузчиком, прийдётся восстанвливать, так что осторожнее, а так, нужно в той системе которую оставить хочешь подправить файлик boot.ini, удалить строку с ненужной системой, а потом можешь просто удалить раздел с ненужной системой, ну или отформатировать его, но это при условии что на этом разделе нет загрузчика, иначе вообще грузиться не будет
P.S. было бы ещё неплохо знать какая система, потому что в 7ке структура немного другая, для неё есть специальная программка для редактирования меню загрузки