Система и данные должны находиться на разных логических, а лучше и физических дисках. В таком случае больше шансов на восстановление. И если свободное место позваляет не игнорируйте Корзину самое простое средство борьбы с мелкими ошибками связанными с удалением.
А по поводу вируса, не "суйте в...