Можно стандартными средствами =)
Опишу для вин семь
Вставляем флэху идем в диспетчер устройств - дисковые устройства. Находим флэху. правой кнопкой свойства, вкладка политика, выбираем оптимальная производительность. Теперь можно форматировать в NTFS. Для ХР все тоже самое тока вкладки вроде...